胆总管走行于肝十二指肠韧带右侧缘内，在肝固有动脉的右侧，门静脉的右前方，下行于十二指肠第一段后方，胰头部后面沟内，斜行进入十二指肠第二段后侧壁而开口于十二指肠乳头。胆总管的长度成人约7～9cm，管径0.6～0.8cm，一般不超过1cm。

根据胆总管的行径和毗邻，将胆总管分为四段：

(1)十二指肠上段：在肝十二指肠韧带内，自胆总管开始处至十二指肠第一段上缘为止。许多胆总管的手术均在此段内进行。

(2)十二指肠后段：位于十二指肠第一段后面。下腔静脉前方，门静脉的右方。此段一般较短，胆总管的十二指肠吻合术即在此段进行。

(3)十二指肠下段即胰腺段：此段的上部并非完全埋在胰腺内，多数由胰头后方经过，而其下部与乳头的关系有两种情况：①胆总管被一薄层胰腺组织所覆盖。②胆总管只被胰腺被膜所覆盖，位于胰腺后面的胆总管沟内。该段逐渐变细，且管腔的粘膜有瓣状皱襞，容易发生结石嵌顿，术后通过对胆总管沟的检查或将浅表的胰腺组织分开，胆总管下端及其病变便可显露。

(4)十二指肠段：是胆总管穿经十二指肠壁的一段，位于十二指肠第二段的内后侧壁中呈斜向走行。此段最短，长约15～20cm。在斜穿十二指肠壁内时，与胰管汇合，汇合后略膨大，形成胆胰管壶腹即乏特氏壶腹。于壶腹及其附近有括约肌，并向肠腔内突出，使十二指肠粘膜隆起形成十二指肠乳头。胆胰管最后借乳头小孔开口于十二指肠。